Evrim ağacı oluşturmak
Soyoluş ağaçları, ailelerin soyağaçları gibi atasal örüntüleri gösterir. Ancak, ailelerin kendi tarihlerini kaydetme olanağı varken evrimsel soyların böyle bir olanağı yoktur – ne yazık ki doğadaki türler kendi geçmişlerini gösteren yazılı belgelere ve nüfus cüzdanlarına sahip değiler! Bu nedenle biyologlar, topladıkları veriler ve bu verilerin analizi yardımıyla geçmişte yaşananların tarihini yazmak zorundadırlar. Bu tarihçeyi daha sonra, canlıların birbiriyle akrabalık ilişkilerini açıklayan hipotezleri geliştirmek, yani soyoluşları oluşturmak için kullanırlar.
Sağdaki gibi bir soyoluşu ortaya çıkarmak için, biyologlar ilgilendikleri canlıların her birinin karakterleriyle ilgili veri toplarlar. Bu karakterlerin kalıtsal olması ve canlılar arasında karşılaştırılabiliyor olması gerekir: fiziksel karakterler (morfoloji), genetik dizilimler veya davranışsal özellikler gibi.
Örneğin, omurgalı soyoluşunu oluşturmaya çalıştığımızı düşünelim. İşe, her soyun temel morfolojik özelliklerini anlamak için bu soyların temsilcilerini inceleyerek başlarız. Bunu yaparken ele aldığımız soyun omurgası, iskeleti, dört kolu, amniyotik yumurtası ve benzeri özellikleri olup olmadığını kaydederiz.
Ortak türemiş karakterlerin kullanımı
Amacımız, canlıları giderek daha az dal içerecek şekilde gruplandırmamızı sağlayacak kanıtlar bulmak. Burada bizi özellikle ilgilendiren şey ise ortak türemiş karakterler. Ortak karakter, iki farklı soy tarafından paylaşılan karakter demektir. Türemiş karakter ise, soy boyunca yeni bir dala sebep olacak şekilde evrilmiş ve o dalın üyelerini diğer dallardan ayrı kılan bir karakter anlamına gelir.
Ortak türemiş karakterler, canlıları soyoluşun dalları halinde gruplandırmak için kullanılabilir. Örneğin ikiyaşamlılar, kaplumbağalar, sürüngenler, yılanlar, timsahlar, kuşlar ve memelilerin hepsinin dört üyesi (2 kolu ve 2 bacağı) vardır, ya da geçmişte yaşadıkları zaman vardı. Günümüzde yaşayan bir yılana baktığınızda, belirgin üyeler göremezsiniz, ancak fosiller yılanların eskiden üyeleri olduğunu göstermektedir. Üstelik günümüzde yaşayan bazı yılanlar hala körelmiş üyelere sahiptir! Dört üyenin varlığı, omurgalıların hepsine ortak atalarından kalmış olan ve omurgalı dalını diğerlerinden ayırmaya yarayan ortak türemiş bir karakterdir.
Ancak, dört üyeye sahip olma özelliğini yukarıda yeşille işaretli dal içindeki ilişkileri belirlemek için kullanamayız, çünkü dal içindeki tüm soylar bu karaktere sahipler. Söz konusu dal içindeki ilişkileri belirleyebilmek için, bu dal içindeki soylar arasında değişim gösteren diğer karakterlere bakmalıyız.